Медресе работало 27 лет, 1893-1920 годах, где кроме мусульманского вероучения, преподавались арифметика, география, история, татарский и арабские языки. После революции была советской школой, а в1930-2013 годах – детским садом «Тополёк».
5 февраля 2016 года благодаря усилиям прихожан Исторической мечети и здание медресе было возвращено мусульманам города, и после капитального ремонта (2016-2020года) начало функционировать. Там проводятся примечетные летние курсы по изучению основ традиционного Ислама для детей и взрослых, а так же мероприятия.
В этом 2023 году Белебеевскому медресе 130 лет, и 150 лет со дня рождения первого имама нашей мечети Хурамшина Жамалетдина хазрата.